конкуренты переманили коммерческого директора, его знания всех секретов фирмы может нанести серьезный удар по репутации компании. Что можно предпринять в качестве защиты?

Переманите их генерального, исполнительного и финансового директоров. :)

А если серьезно, то непонятно какой совет вы расчитываете получить. Договаривайтесь с теперь уже бывшим своим сотрудником и делайте выводы на будущее.

Уважаемый Геннадий!

Перечислите пожалуйста дробно секреты, которые знает Ваш сотрудник. То есть, не раскрывайте их, а только перечислите:

Например,

Ушедший сотрудник знает:

Секрет 1. О том, что ...

Секрет 2. О том, сколько ...

Секрет 3. Как у нас ...

Продолжите и заполните список. Затем продолжим.

Успеха!

да уж...  знал он собственно всю ерунду и не с самой лучшей стороны, а действительно слабые места..

и пожалуй глупый вопрос я задал..  фирме пришлось проглотить...

Устраните слабые места, о которых знал он, также те, о которых знают оставшиеся, и те, которые всплывут в процессе. Первые нужно устранить срочно.

Постепенно ситуация изменится и его знания обесценятся.