Здравствуйте, Кирилл!
.... Дело в том, что написанные программистом программы защищены.... Частично они были написаны на работе (по закону, на эту часть работы имущественные права принадлежат работодателю), частично - написаны дома (вроде бы имущественные права на эту часть работы должны принадлежать работнику - ???)....
Нет. Вы не могли "по собственной инициативе и в свободное от основной работы время" создать составную часть программы, права на которую в целом (и/или иные составные части) принадлежат Работодателю. Даже, если бы Вам удалось доказать это (в чем я сомневаюсь), то мотивы такого поступка содержат признаки злоупотребления правом, что запрещено статьей 10 ГК РФ. Т.е., получается, что до конфликта (формально в безконфликтной ситуации) Вы готовили... (сами закончите это предложение).
Внимание! Я не пишу, что Вы так делали, я описываю ситуацию по Закону. Не защищая Вашего Работодателя (платить за работу надо в любом случае и нельзя нарушать слово), замечу: если раньше Вас устраивала неофициальная зарплата "в конверте"; и не формализованные отношения с Работодателем, то понимая "преимущества" (например, экономию подоходного налога и т.п.), Вы должны были понимать и соответствующие риски.
Если Вы не были согласны с этими рисками, Вам следовало заключить с Работодателем договор. То есть, именно вот эту задачу решать, а не "авторскую". Судьи, на потоке работающие, все это сразу чуют нутром.
....Никаких актов сдачи/приемки кода подписано не было. И, соответственно, работодателю будет трудно доказать свое право на код....
Обратите внимание. Вам также будет сложно доказать тот факт, что код написали Вы. А, если получится, то - см. выше. И потом, как тут кто-то писал: город большой, а прослойка тонка, информация в сегменте ходит. Вашим будущим другим достойным Работодателям будет нужен Программист с большой буквы, а не "минер" с маленькой. Соответствующую репутацию и поддерживайте. Тем более, что, по статьям судя, Вы ей обладаете.
Мое предложение: поступить так, как Выше советует Редакция.
С пожеланиями,
СОГЛАСЕН С ОБРАБОТКОЙ ЛИЧНЫХ ДАННЫХ