Вкратце ситуация такая.
Рекламная площадь разделяется на минимальные модули ("спичечный коробок" - 40х60, 50х36 и т.д.) и продается помодульно.
Чем больше площадь - тем дешевле. Исключение составляют редакционные полосы, 1-ая и последняя полоса. Там действует наценка 50-100%,плюс наценка за цветность.
Складывать стоимость площади исходя из себестоимости плюс желаемая прибыль для запускаемого с нуля издания в крупном городе 21-го века - чересчур, на мой взгляд.
Какое-то время придется поработать себе в убыток. Цены имеет смысл устанавливать на основе мониторинга конкурентов, или заведомо демпингуя (чтобы наработать клиентскую базу), или просто чуть ниже рынка. Если Вы уверены в отдаче от рекламы в Вашем издании - привлеките заведомо перспективных клиентов на суперльготных условиях (можно за "бесплатно").
"Окна" (непроданные места в газете) заполняются либо рекламой самих себя, либо раздаются со скидками постоянным клиентам за день до дед-лайна.
План перед агентами устанавливается путем разделения общей рекламной площади на кол-во агентов плюс поправочные коэффициенты для каждого из агентов (в зависимости от качества его работы). Процентовка агентов устанавливается по тому же принципу.
Это пример работы газеты районного масштаба в Москве, в которой имел честь трудиться в свое время.